刚刚举行完公民投票的印尼东帝汶局势急剧恶化。7日凌晨，印尼军方发言人在雅加达宣布，东帝汶从7日雅加达时间零时（北京时间6日23时）起实行军事紧急状态。据外电报道，在9月6日，民兵开枪攻击国际红十字会东帝汶总部，放火焚烧了东帝汶主教诺贝尔和平奖得主贝洛的住家。当时，这两处地点有数以千计的难民，民兵将这些难民赶上车辆，押往东帝汶码头。贝洛主教一度被盛传已中弹身亡，不过，印尼军方发言人否认主教已身亡的消息，并声称印尼军方已派出直升机，救出贝洛主教送至东帝汶一处安全地点。在雅加达，印尼警方承认东帝汶局势已经“失控”。军方已经表示，将向东帝汶派遣约6个营的兵力，目前已有部分抵达。
另一方面，澳大利亚驻印尼大使的座车遭人开枪袭击，不过大使没有受伤。澳驻东帝汶首府帝力的领事馆也遭人开枪攻击。
据目击者称，民兵一进入贝洛主教的宅邸，就向地面和空中开枪。当时庭园里有6千名难民。他们惊慌地逃进屋内。民兵接着把他们赶到屋外，同时民兵也在同主教谈判。
另据报道，在东帝汶9月6日还发生了恐怖屠杀事件，有数百人被杀害，尸体被肢解，尸首被挂在竹杆上，排列在路旁示众。有人在帝力市郊数到的尸体数目至少有145具。在帝力街道两旁横陈许多残缺不全的尸体。一整夜，自动机关枪声此起彼落，响个不停。
印尼总统哈比比9月6日说，他正在努力试图恢复东帝汶的法治和秩序，并与联合国秘书长安南就此事通了电话。
哈比比在国会接见了人民协商大会的领袖后，对新闻记者说：“我正在处理此事，为此我今早同联合国秘书长安南进行了长时间的交谈；他今晚会再打电话给我，讨论我们要怎样才能解决这个问题。”他声称，身为印尼总统，他有责任处理印尼国内，“包括东帝汶”所发生的每一件事情。陪伴哈比比的外长阿拉塔斯则表示，政府“非常严正看待”东帝汶的事态演变以及当地的法治形势。
联合国9月6日同时宣布，将在7日以前把联合国特派团的约半数成员撤出东帝汶，调到澳洲达尔文长驻。
联合国驻澳大利亚洲新闻中心主任布兰特说，联合国驻遭暴力蹂躏的东帝汶的特派团204名成员，会在今后两天撤出，只剩80人驻在东帝汶首府帝力。
随着8月30日的全民投票过后，约有1500名东帝汶人躲入拥挤的联合国驻东帝汶总部避难。布兰特说：“局势非常严峻。国际社会最好迅速采取行动，因为我们比谁都更担忧东帝汶人民的安危。他们是我们所担心的一群。”
在9月6日一早，澳大利亚皇家空军飞机就飞离了达尔文附近的丁达尔空军基地，开始疏散无关重要的联合国职员和澳洲公民。
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